1. Menentukan arah penelitian yang difokuskan pada isu strategis dengan memperhatikan kendala, tantangan, peluang, dan sumber dana yang tersedia, dan dijabarkan lebih lanjut dalam rencana penelitian yang lebih operasional.

2. Menyatukan persepsi antara pengambil kebijaksanaan, perencana, peneliti dan pengguna teknologi dalam menentukan arah dan prioritas penelitian, mengurangi kesenjangan antara teknologi yang dihasilkan dengan yang dibutuhkan dalam penerapannya.

3. Menyatukan arah penelitian dalam rangka mendorong munculnya efek sinergistik dalam kegiatan Ristek pada lingkup Pusat Penelitian Kopi dan Kakao, lingkup Badan Litbang Pertanian serta lingkup nasional dan internasional.

4. Mempercepat munculnya inovasi dan terobosan teknologi sebagai jawaban terhadap peluang dan tantangan yang dihadapi.

5. Memberikan pelayanan bagi masyarakat kopi dan kakao di dalam melakukan pengusahaan, sekaligus memanfaatkan umpan balik informasi sebagai bahan penyempurnaan kegiatan penelitian dan pengembangan selanjutnya.

1. Program pengelolaan sumber daya alam.

1. Pemetaan lahan yang sesuai untuk budidaya kopi dan kakao.

2. Konservasi manajemen ekosistem budidaya kopi dan kakao spesifik daerah.

3. Konservasi, karakterisasi genetik (teknik konvensional/molekuler) dan pendayagunaan plasma nutfah kopi dan kakao untuk program pemuliaan dan sumber keragaman genetik.
4. Pemanfaatan agensia biologis dan pestisida nabati untuk pengendalian hama penyakit pada perkebunan kopi dan kakao.
5. Pemanfaatan mikroorganisme untuk peningkatan produktivitas perkebunan kopi dan kakao.

2. Program perbaikan potensi genetik
Perbaikan potensi genetik tanaman kopi dan kakao (secara konvensional/molekuler) diarahkan untuk mendapatkan varietas/klon kopi dan kakao dengan variabel genetik:

1. Potensi produksi

2. Ketahanan terhadap hama-penyakit utama kopi dan kakao

3. Karakter mutu yang baik (citarasa dan mutu fisik)

4. Potensi kandungan lemak kakao yang tinggi dan komposisi lemak yang baik.

5. Ketahanan terhadap kondisi lahan yang marginal.

3. Program pengelolaan dan pengembangan sistem agribisnis perkebunan kopi dan kakao:

1. Penelitian untuk mendukung pengembangan perkebunan kopi dan kakao spesifik.

2. Penelitian peningkatan produktivitas lahan

3. Penelitian dan pengkajian teknologi pengolahan kopi dan kakao untuk memberikan jaminan mutu internasional dan diversifikasi produk

4. Penelitian penanganan dan pemanfaatan limbah cair dan padat pada pengolahan kopi dan kakao.

5. Penelitian akumulasi logam berat dan kontaminasi mikotoksin dalam biji kopi dan kakao, kaitannya dengan keamanan bahan pangan.

6. Rekayasa sarana pengolahan kopi dan kakao menurut skala industri.

4. Program sosial ekonomi dan kebijaksanaan perkebunan kopi dan kakao :

1. Analisis sistem pengusahaan perkebunan kopi dan kakao

2. Optimasi usaha untuk peningkatan daya saing komoditi kopi dan kakao.

3. Penyusunan model ekonomi dan analisis pasar komoditi kopi dan kakao.

4. Rekayasa sosial ekonomi perkebunan berbasis kopi dan kakao yang berwawasan agribisnis dan berwawasan lingkungan.

5. Analisis berbagai kebijakan mikro dan makro.

5. Program pengembangan dan diseminasi hasil penelitian

1. Publikasi hasil-hasil penelitian melalui jurnal Pelita Perkebunan dan publikasi yang bersifat praktis atau semi ilmiah disampaikan lewat Warta Pusat Penelitian Kopi dan Kakao.
2. Seminar/Lokakarya ilmiah diadakan secara berkala atau sesuai dengan keperluan.
3. Komunikasi dan diseminasi dilakukan bekerjasama dengan BPTP/LPTP, instansi terkait, perusahaan perkebunan atau kelompok petani/pekebun, organisasi profesi, asosiasi komoditas.
4. Layanan informasi dan publikasi secara langsung yang diharapkan dalam masa mendatang akan menjadi bagian sistem informasi nasional

6. Program pengembangan kelembagaan

1. Pengembangan sumber daya manusia peneliti dan unsur penunjang.

2. Pengembangan sarana penelitian, laboratorium, perpustakaan dan sarana penunjang lainnya.
3. Pendidikan dan pelatihan baik bergelar maupun non gelar untuk peneliti, teknisi maupun unsur penunjang lainnya.

4. Pengembangan organisasi dan manajemen.

5. Kerjasama penelitian dilaksanakan bersama lembaga penelitian terkait dan perguruan tinggi di dalam dan luar negeri.

1. Pemilihan topik penelitian pada jangka waktu tertentu menurut :
   a. asas manfaat dan nilai tambah
   b. asas pemecahan masalah
   c. asas terobosan, dan
   d. asas wawasan lingkungan.
2. Penelitian yang dilakukan sesuai dengan kebijaksanaan dan kebutuhan pembangunan pertanian serta mempunyai arti politik, ekonomi dan strategi yang penting.
3. Penelitian yang memberikan kontribusi nyata terhadap tujuan pembangunan pertanian yang mencakup peningkatan produktivitas, pertumbuhan, pendapatan, lapangan kerja dan pemerataan kegiatan dan hasil pembangunan pada berbagai wilayah agroekosistem. Penelitian yang memberikan landasan kuat, dan umpan ke depan bagi pembangunan pertanian jangka panjang yang berkelanjutan.